مرکز مطالعات راهبردی و آموزش کشور از دو بخش اصلی «آموزش» (برگزاری دوره های آموزشی در وزارت کشور و استانداری‌ها) و «پژوهش» (تولید بروندادهای پژوهشی حول نظام موضوعات وزارت کشور و اطلاع رسانی آنها به تمامی وزارت کشور و استانداری ها و سایر نهادهای لشکری و کشوری که می‌توانند از آنها در تصمیماتشان استفاده کنند) تشکیل شده است. علاوه بر این دو مأموریت اصلی، سه مأموریت دیگر نیز دارد که «خبر و تحلیل»، «وزارت کشور هوشمند» و «مدیریت دانش وزارت کشور» نام دارند.